科学研究院/保密办是学校科学研究的计划组织、项目管理、科技合作、成果管理与转化、基地建设和管理、科研团队建设和管理、学术交流、保密、协同中心运行管理以及各项工作评估、监管、服务的行政职能部门。科学研究院与保密办合署办公，下设基础科研与能力建设部（正处级建制）、军工科研部（正处级建制）、成果和科技开发管理部（正处级建制），综合管理办公室/学会协会管理办公室（科级建制）。

基础科研与能力建设部：下设基础科研与人文社科处（副处级建制）、能力建设处（副处级建制）。基础科研与人文社科处下设基础科研/高新技术管理办公室、人文社科管理办公室2个科室；能力建设处下设科研基地与重大项目管理办公室1个科室。

军工科研部：下设军民融合处（副处级建制）、保密管理办公室。军民融合处下设军工科研管理办公室/军民融合办公室、资质体系建设管理办公室2个科室；保密管理办公室下不设科室。

成果和科技开发管理部：下设科技成果管理处（副处级建制）、技术转移中心。科技成果管理处下设科技奖励办公室/秦创原创新促进中心管理办公室1个科室。

科学研究院/保密办的具体职责范围包括：

1.制定学校科研发展总体规划；

2.拟订学校各类科研管理规章制度；

3.学校科研骨干队伍建设、科研创新团队建设与管理；

4.各级科研平台建设与管理，包括国家级、省部级重点实验室和工程研究中心、创新中心、各级协同创新中心的申报与运行管理、评估、监管与服务；

5.各类国家、省市等各级科技计划项目的管理，包括科研项目申请、合同的审核、登记以及科研项目的经费管理与验收；

6.各类科技成果转化项目的管理，包括科研项目合同的审核、认定、登记以及科研项目的经费管理；

7.各类科研成果管理，包括验收、鉴定、申报奖励、宣传、推广与应用；

8.科研成果知识产权的管理，包括知识产权的申请、登记、注册及保护；

9.负责武器装备质量体系、武器装备科研生产许可、装备承制单位注册认证等资质体系的建设和管理；

10.拟订学校保密管理的制度、措施、办法和专项保密工作方案，开展各类保密工作管理；

11.依据国家和学校的有关管理政策、办法和规定，监督学校科研项目的实施，编制项目研制年度计划；

12.全校科研情况的统计、分析及上报；

13.校学术委员会秘书单位、校学风建设委员会秘书单位、校科协秘书单位，负责校学术委员会、校学风建设委员会、校科协的日常工作；

14.负责二级学院和重点研究平台的任务分解与目标考核、重点工作的监管与评估考核；

15.搭建学校科研信息化平台，为领导决策提供数据支撑，为广大科研人员提供信息服务；

16.负责学校科研过程中的定密及管理工作；

17.负责学校保密相关方针政策及制度的制定；

18.协调学校各职能部门及涉密学院，对国家保密相关方针政策进行落实；

19.对各职能部门保密责任归口管理情况进行指导、督促、检查；

20.对各学院及项目组保密主体责任落实情况进行指导、督促、检查；

21.编制检查计划，定期开展全校保密检查，并根据实际情况不定期开展各类专项检查；

22.组织确定和调整保密要害部门部位；

23.配合国家安全机关查处失泄密案件；

24.对参与保密工作的单位和个人进行奖惩。