个人信息:Personal Information
副教授 研究生导师
主要任职:华山菁英副教授
性别:男
毕业院校:西安电子科技大学
学历:博士研究生毕业
学位:工学博士学位
在职信息:在岗
所在单位:计算机科学与技术学院
入职时间:2020-06-15
学科:计算机应用技术
联系方式:huyuxuan@xidian.edu.cn
电子邮箱:
研究领域:计算系统生物学,单细胞/空间组学数据分析,机器学习与模式识别
研究方向:
(1)细胞通讯建模(Cell-Cell Communication Modeling):针对细胞通讯这一基础科学问题,基于单细胞多组学数据,利用图挖掘与机器学习等技术,定义并识别细胞通讯模式,如构建细胞通讯信号转导网络等。
(2)组织架构解析(Tissue Architecture Discovery):不同细胞在组织或器官中依据某种“未知的规则”交流协作,构成组织细胞邻域(tissue cellular neighborhood),进而实现整个组织或器官的功能。因此,组织细胞邻域的准确识别是深入认识生命系统的重要基础科学问题。我们基于空间多组学数据,利用深度学习等前沿人工智能技术,数字解码组织的空间构成规则。
(3)肿瘤免疫的量化分析(Quantitative Analysis of Tumor Immunity):利用上述细胞通讯建模和组织架构解析等计算工具,量化肿瘤患者免疫力,识别肿瘤诊断与预后的标志物,以及联合免疫疗法的潜在靶点。
代表性论文:
[1]Yuxuan Hu*, Jiazhen Rong, Yafei Xu, Runzhi Xie, Jacqueline Peng, Lin Gao, Kai Tan*. Unsupervised and supervised discovery of tissue cellular neighborhoods from cell phenotypes.Nature Methods, 2024, 21: 267-278.(唯一第一且共同通讯,影响因子48, NM主页精选(Featured)文章,中科院1区)[Full Text]
[2]Yuxuan Hu, Tao Peng, Lin Gao, Kai Tan*. CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data.Science Advances, 2021, 7: eabf1356.(唯一第一,影响因子14,中科院1区)[Full Text]
[3]Yuxuan Hu, Chia-Hui Chen, Yang-Yang Ding, Xiao Wen, Bingbo Wang, Lin Gao*, Kai Tan*. Optimal control nodes in disease-perturbed networks as targets for combination therapy.Nature Communications, 2019, 10: 2180.(唯一第一,影响因子17,中科院1区)[Full Text]
[4] Han Xu, Yusen Ye, Ran Duan, Yong Gao,
Yuxuan Hu*
, Lin Gao*. Beaconet: A reference-free method for integrating multiple batches of single-cell transcriptomic data in original molecular space.Advanced Science, 2024, Accepted.(共同通讯,影响因子15, 中科院1区)
[5] Lanying Wang,Yuxuan Hu, Lin Gao*. Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics.Briefings in Bioinformatics, 2024, 25: bbae063.(影响因子12, 中科院1区)[Full Text]
[6] Ran Duan, Lin Gao*, Yong Gao,Yuxuan Hu, Han Xu, Mingfeng Huang, Kuo Song, Hongda Wang, Yongqiang Dong, Chaoqun Jiang, Chenxing Zhang, Songwei Jia. Evaluation and comparison of multi-omics data integration methods for cancer subtyping.PLoS Computational Biology, 2021, 17: e1009224.(影响因子4,中科院2区)[Full Text]
[7]高琳*,胡宇轩,叶育森, 张世雄.单细胞数据驱动的关键问题与挑战,中国计算机学会通讯, 2022, 18(4): 28-35.[Full Text]
[8] Yang-Yang Ding, Hannah Kim, Kellyn Madden, Joseph P Loftus, Gregory M Chen, David Hottman Allen, Ruitao Zhang, Jason Xu, Chia-Hui Chen,Yuxuan Hu, Sarah K Tasian*, Kai Tan*. Network analysis reveals synergistic genetic dependencies for rational combination therapy in Philadelphia chromosome–like acute lymphoblastic leukemia.Clinical Cancer Research, 2021, 27(18): 5109-5122.(影响因子12,中科院1区)[Full Text]
完整论文列表详见https://scholar.google.com/citations?user=SWlJrycAAAAJ&hl=zh-CN,算法实现及软件见GitHub主页https://github.com/huBioinfo